《NOiSE》的时代背景在《BLAME！》数千年以前,两部作品的世界观几乎相同。一个神秘教团利用网络混沌所产生的力量,以人类作为基础,制造出现代武器根本完全无法加以伤害的类似安全警卫的怪物,根据网络苏菲亚所说,有人偷了统治局的核心技术,估计就是指那个教团。后来这个教团全体成员利用网络混沌变成了“另一种生物”,他们与《BLAME！》里的硅素生物有着千丝万缕的联系。神秘的少女结的出现,成为了对抗他们的「暗杀者」！