又名:新世纪福音战士EVA公元2004年，三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所（GEHIRUN的对外名称）地下第二实验场，亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态（同步率百分之四百）。不久之后，碇源渡将小真嗣托付给了住在远方的一位老师，父亲绝情离去的背影成为了真嗣心中的恶梦，在长大后仍不断跃出脑海......但他并不知道父亲与其背后的Seele正在从事的浩大工作。第二次冲击后，位于日本相模湾边的箱根地区下的巨大球形空间内，成百万吨的沙土被移走，地表中装置了二十二层装甲防护，可谓是固若金汤，人类进化研究所就以此为基地，Lilith则被钉在了更深地层下的中央教条区中。作为人类补完计划的补助，平行实行了E计划，从南极运来的已经失去S^2机关的第二使徒被装上了拘束装甲，成为人类未来补完的重要工具——EVA初号机，并且对其进行仿制得到了一部没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步的EVA便无法使用，唯一的办法是提取Lilith的灵魂物质制造了一个拥有使徒能力的克隆人，并使其听命于人类。与此同时，人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele，她试图挽救人类渡过未来